亚东县人民政府设置工作部门共27个：

发展和改革委员会（经济和信息化局、粮食和物资储备局）；

教育局（体育局）；

外事办公室；

民族宗教事务局；

公安局；

民政局；

司法局；

财政局（政府国有资产监督管理委员会）；

人力资源和社会保障局；

自然资源局（林业和草原局）；

住房和城乡建设局（城市管理和综合执法局）；

交通运输局；

水利局；

农业农村局（乡村产业发展局、科学技术局）；

商务局；

文化和旅游局（文物局）；

卫生健康委员会；

退役军人事务局；

应急管理局；

审计局；

市场监督管理局；

统计局；

扶贫开发办公室；

医疗保障局；

信访局；

行政审批和便民服务局；

藏语委办。